西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地/]球上。之後調查證實這==其實是一艘外星人的宇-宙船，#%之後世界的某些強國為*了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造 成(的破壞（還得掩蓋掉-這個外,_
/星船墜落的事實），而組成了$,統合 !政府。並由地球統合@_`!軍將其改造成^為全長1200公尺的超大型主%^力戰艦，命:名為「馬克羅斯」（MACR -!OSS，$/+德文「大]*宇# 宙(-」之意）。其間人類卻也歷經統合派%)^與反統合
,派國家陣營#=的分%#(裂，在綿`:延的 爭戰中馬克羅 ^斯的改*修)則仍然; [持\* 續-著。直 到10--.年後，..+在馬克羅:斯舉行正式 [*起用下水@典禮的當天^+，在月球軌道附近^突然發現有大規模
$的 時空跳躍反應。而此時馬客=.!羅斯艦上的主炮竟自動)_發+射，並擊中*:=在月 ?球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，?不把,[對方! 惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，#以轉移敵方注意。青年一條\ 輝陰錯陽差的坐上了統%#合軍的戰機捲入戰鬥:，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女;!+ 軍官早賴未沙的不吵不相識……*]被稱為「第一,\次宇\宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就$此揭開\*了序幕。而圍
[繞在輝、明美與未沙^[之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發,-??展之中 `，甚而成為;)主導後來歷史走向$的契機……