突袭世界的大灾难“第二]+@次冲击”后. ，_世界在废!墟之上重建。1+\4岁%+的少年碇真 ,%嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京#+ 市。本以为能见到父亲迎接``的他，却见到名为“使徒”的=@/巨大生= 物与军队(交火。危急之下，*.=[特务机关N#@ER()V的 葛成* 美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统#%[领的NER=$#V总] ]+部。但迎接真嗣\ =的@;，却是是父亲@?冷酷地\[@命令：驾驶=#)称!:为*
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E[+:V%$(A”的巨大人 ;$型机器人与使徒 ^战斗。本已\!表示拒*#绝的真^嗣，看到重伤的替补,+驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲 :?的命令。就这样，从未受过作战: ?训练$?@的真嗣_^)，准备驾驶E
VA初号机迎)战使徒。不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来/:的驾驶员惣流·明日#*香·兰格蕾，14岁的少 年要面[^]对远超自)!己能力的挑战。而碇元渡;不动声色地观察一切，一个称为“人类-补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。