继续延`续^上一季的剧情，原来穆]德受了骗，@ /及时发].(觉错误后和史考莉_串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的]地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一(些 \没有被  完全改造的混血; 外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史$_ +考莉被绑架时子宫_*被移除，但今年却出现 !了
她的孩子——艾蜜莉 ]。;^=今年制#作小组甚至找了两位[知 ;名科;幻小说家^操笔，客串)#写出\
两集剧本。另外今年也有一集喜剧。 +整出X\ ;档案 为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容 ，“ ?(辛迪加”[#)组织的^=阴谋越来越明显 ，穆德再一次接近/]事实[% 的真相。穆德前女友的出现也对+\]穆德与史[考莉间的关系做出重大考^_验。该[!季结束于吸()烟人烧毁了所有X档案卷)(-宗。