199! 9年，墜.落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與^_此同時，地球外生-.(物+ +WORM亦開始在世界各地繁殖。為了! 對抗在[一瞬間支_ *#配 了* 廣泛地區的WORM，人類成立了對WO)RM組織]ZE.CT。$)ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與 +)
*WORM展開激戰，時間就在這場戰-$爭中渡過了七年。2006
年_\，在這個/+!沙漠化的地球 上# ，部分ZECT$的成員因?^為不滿組織的束縛而, 結成+/]獨立團體NEOZECT，而ZECT亦開;=始對這群背 叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即+是假面騎士KABUTO的出現，令$_戰局=產生極大變化。ZEC[T總
+部得到一顆巨?型冰塊彗星正在接近地球，於是提 ^)出「天空
之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置\巨型CLO!]CKUP機器，製造轉移=空間/.(把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透/)過這個計劃!^，ZEC(T的權力就=會越趨;+龐大，足`以支配地/^$球。ZECT利$(用連接 (地`\@球和宇宙的軌道電梯發動\「.天空之梯+?*子#^+計劃」，而#))從天道手上得知這項)?情報:的NE \O=%ZEC .T，亦決定搶:\#奪這個計劃，壓抑Z+;EC +,T繼續增大權力。為了組#=織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與`#矢車想；為了自*[由而戰
的NE [OZE+`?C`
^\T戰士織田 秀成) ]和風間大介；為了最[愛的日和而戰的加$_(#賀美新，還有目的完全不明][的天:道總司；以及身份神秘的黃金假面;(=騎士。在各人思想交錯的漩渦中，假面騎^士的戰^,鬥已延伸到-?浩瀚宇宙…