一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，$(*它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，
_干扰了附近的星) 舰并造成了广-
泛的破_坏。此?_时，詹姆+斯·柯克中将与他的[-^;船员们在完成了让斯波克上校复活的@任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改_^\名为“赏金号”$[）从瓦肯星;返航?[，尽管他们已经知道了将面临军事法= .庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，%!*并对她的毁坏负有责任。在此关头,!]
，\]尚在恢复中的斯波克发现这艘
\外@*星探测# 器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世%$/纪^前座头鲸就因过度的捕猎而]灭绝-]了。 柯克命令#`“赏金号”进入;,引]力弹射$ %状态，` 利用太阳的.=万有引力而
穿越 时空来到20世纪-后期。星,舰于1986年抵达了美国%!`加利福=尼亚州的%[旧金山市，船员$们将星舰藏在金门\+公园的一处草坪 上。此??[.后，他们开始,_:寻找@%能与_@)外星探测器 
\沟通的鲸
)鱼、能将鲸鱼装在星舰上的 容.[器，以及能让猛*禽舰 $恢复能源供应的物[(质——-]在星舰穿越;,时空的旅_@途中能源几乎被耗尽。]柯克与,斯`$`)波克最终,#获得了一位鲸类专家吉莉/-安·泰勒博士.$的协助]_ ，她在索*[ $萨利托市
鲸鱼协会照料两头座头 鲸。在经历了许多的困难后——包括/让*:泰勒相信他们的确来自未来——]进[(取号的[=船员们成功%+)地营.救了两头座 (]头鲸，并 将它们带到未来，及时地(+拯救了地球。然后船员们-
被带到了联邦委员会的面前，接受众多的=?%指控(=[)。没有被作为被告的斯波克也与%)#其他船员们站在?了一起。最后，鉴于他们新近的英= 勇表现，]除了对柯克中将的_ 控告外;]，针@#对其余被告的所:有控告都被撤销。柯克以*-?
作为一名_ 上级军官却违背命.令的罪行被判有罪，并象 #_征性地`%]被降%:!)职为上校以示惩;戒；但作为对他英勇行为的+表彰，他被任命
 为联邦星舰进取号-A的舰长。与进取号船员一同来 $到2 3世纪的泰勒)博士，(*决定加入星际舰队并成为一名科学官。作为情节框架的支线剧情，展现@了斯波%#(克逐渐地恢复了? 他的记忆、他此前获得并接受(`(,:的人类传统，以^\及他对自己情感的承认。在影片开始时，他不明#!\白母亲询问他的] “感/(觉”有)何意义`
= ；但^*到最后，他已能足够意识到“感觉)#-”对:^
人类的?)重要!性，并托父亲%告诉母亲，他“感觉良好”。